3 . آثار بجامانده از آقا على به خط خود وى در تفحص در مخزن نسخ خطى در كتابخانه‌هاى عمومى و خصوصى مشخص شد كه تنها نسخهء اصل بخشى از آثار حكيم مؤسس بجا مانده و از نسخهء اصل ديگر آثار وى نشانى نيافتيم . آثارى كه نسخهء اصل آنها شناسايى شده به قرار ذيل است : 1 - بدايع الحكم 2 - تعليقات الاسفار ( شامل تعليقه‌هاى مفصل العّلة و المعلول و النفس كل القوى ، تعليقه بر حواشى حكيم سبزوارى ، حكيم اردكانى و حكيم تبريزى بر اسفار ) 3 - التعليقات الاصولية بر رسالهء ميرزا حسن آشتيانى در منقول . 4 - تعليقات على حواشى صدر المتألهين على الهيّات الشفاء 5 - تعليقات على حواشى صدر المتألهين على شرح حكمة الاشراق 6 - تعليقات شرح الهداية الاثيرية 7 - تعليقات لمعات الهيه 8 - تعليقة واحدة على الحواشى الجمالية على الحواشى الخفرية على شرح القوشچى على التجريد 9 - تعليقات على حواشى الفياض اللاهيجى على شرح الاشارات 10 - تعليقات على حواشى والده على حواشى الفياض اللاهيجى على شرح القوشچى على التجريد . 11 - تعليقة على حاشية رسالة سرّ القدر . 12 - مقدّمهء شرح اسرار الآيات ملا صدرا . 13 - رسالهء تاريخ حكماء . « 1 »

--> ( 1 ) . مشخصات كامل نسخ در مقدمهء هر جلد مجموعه مصنفات خواهد آمد . در اينجا تنها به اجمال به نسخ اصل آثار ياد شده اشاره مىكنيم : نسخهء اصل بدايع و التعليقات الاصولية نزد دكتر شهيدزاده از ورثه حكيم مؤسس است . از تعليقات اسفار چهار نسخهء اصل بدست آورده‌ايم : يكى در كتابخانهء خصوصى استاد حسن‌زاده ، دو نسخه در كتابخانهء مجلس و يكى در كتابخانه ملك تهران . آثار شماره 4 تا 11 در كتابخانه مجلس شوراى اسلامى بهارستان نگهدارى مىشوند ، -